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Contestualmente all'aggiornamento del Protocollo, il 6 aprile 2021 Governo e Parti sociali hanno sottoscritto anche un secondo protocollo (Protocollo nazionale per la realizzazione dei piani aziendali finalizzati all'attivazione di punti straordinari di vaccinazione anti SARS - CoV-2/Covid-19 nei luoghi di lavoro), mediante cui hanno definito un documento che fissa le linee guida per il coinvolgimento delle aziende e dei datori di lavoro, singolarmente o in forma aggregata, alla vaccinazione diretta dei lavoratori. Si prevede che i datori di lavoro che manifestino la disponibilità ad attuare piani aziendali per la predisposizione di punti straordinari di vaccinazione, propongano il piano aziendale alla ASL di riferimento. I costi saranno a carico dell'azienda, fatto salvo il costo della fornitura dei vaccini e dei dispositivi per la somministrazione, che rimane a carico del Servizio Sanitario Regionale.
In alternativa alla vaccinazione diretta, i datori di lavoro che intendano collaborare all'iniziativa di vaccinazione possono farlo sia attraverso il ricorso a strutture sanitarie private, stipulando una convenzione con strutture in possesso dei requisiti per la vaccinazione, sia avvalendosi delle strutture sanitarie dell'INAIL. Il protocollo vaccini, che non ha valore normativo a differenza del Protocollo, chiarisce tra l'altro che l'adesione dei lavoratori alla somministrazione del vaccino è una scelta volontaria. A tale riguardo, si rammenta che, allo stato, una norma di legge che sancisca l'obbligo vaccinale è stata appena introdotta dal D.L. 1° aprile 2021, n. 44, ma limitatamente agli esercenti le professioni sanitarie e gli operatori di interesse sanitario.
Infine, il protocollo vaccini mette in rilievo i compiti del medico competente durante l'intero processo e sottolinea l'importanza di evitare forme di discriminazione tra i lavoratori, nonchè di tutelarne la riservatezza.